De nationale Natura 2000 planer udarbejdes af Miljøstyrelsen, og danner grundlaget for den fremtidige forvaltning af fiskeri i de marine Natura 2000 områder.
Ministeriet for Fødevarer , Landbrug og Fiskeri har tidligere arbejdet efter en tematisk tilgang, hvor sårbare naturtyper som potentielt kan lide uoprettelig skade såfremt fiskeriet ikke reguleres, har førsteprioritet. Det første initiativ er, at sikre den nødvendige beskyttelse af kortlagte rev - både stenrev og de for Danmark unikke boblerev. Der er i dag enkelte Natura 2000 områder, hvor der er forekomster af revstrukturer som ikke er beskyttet under anden fiskeriregulering. Arbejdet med at få udfærdiget beskyttelsestiltag for disse pågår og forventes fuldført i indeværende planperiode (frem mod år 2027).
Andre habitattyper og arter som fx sandbanker, marsvin og havfugle, er der brug for mere viden om inden nødvendig fiskeriregulering kan formuleres. Der pågår derfor bl.a. et arbejde med undersøgelse af bifangst af marsvin og havfugle i det danske garnfiskeri - ligesom der er igangsat et indledende arbejde med undersøgelse af fiskeredskabers påvirkning af sandbanker.
I takt med at ny viden indsamles, fremlægges dette i Dialogforum for Natura 2000 og Havstrategi