Der laves kontrol af både erhvervsfiskeriet og det rekreative fiskeri. Skibene indgår samtidig i redningsberedskabet og varetager SAR-opgaver. Derudover tilbyder skibene assistance til bugsering af fiskefartøjer og samarbejder ydermere med flere andre myndigheder.
Skibene indgår i et tæt samarbejde med de lokale fiskerikontrolafdelinger i land, i planlægningen og udførelsen af kontrollen til lands og til vands.
Kontrollen til søs er den klassiske disciplin i kontrol af fiskeriet, der hvor fiskeriet finder sted. Ved kontrol til søs kan fiskeristyrelsens kontrolskibe via en boardingbåd gå om bord på fiskefartøjer, mens de udøver fiskeri. Det væsentlige er at kontrollere, hvordan fiskene rent faktisk fanges, samt hvad der fanges, og hvor de fanges.
Kontrollen til søs omfatter derfor primært kontrol af fiskeredskaber og fangster. Derfor er det vigtigt at være til stede, inden fangsten hales om bord.