Pr. 1. januar 2007 blev en ny regulering af fiskeriet introduceret for en række af de vigtigste konsumarter. På grundlag af fartøjernes historiske fiskeri blev fartøjerne inddelt i tre forskellige segmenter – et segment for fartøjer med Fartøjskvoteandele (FKA), et segment for Mindre Aktive Fartøjer (MAF) og et segment for Øvrige Fartøjer (ØF). Intentionen med reguleringen var, at skabe et mere rentabelt fiskeri.
På grundlag af det historiske fiskeri i reference perioden 2003-2005, har hvert FKA-fartøj fået beregnet en andel (promille) af den mængde, som er afsat til FKA-fartøjer, for de arter, der er omfattet af ordningen. Andelen kan overdrages (iflg. regler i reguleringsbekendtgørelsen), men der er restriktioner for hvor stor en koncentration af andelene der kan knyttes til et fartøj. Hvert år udmøntes denne andel i en mængde, som fartøjet kan fiske på i løbet af kvoteåret. MAF fartøjerne har mulighed for at drive et rationsfiskeri efter de arter, der er omfattet af ordningen – typisk reguleres rationerne hvert kvartal. ØF-fartøjerne har ikke mulighed for at fiske de arter, der er omfattet af ordningen. Flere af ØF-fartøjerne har i stedet mulighed for at fiske efter arter omfattet af reglerne for individuelle overdragelige kvoteandele (IOK).
I FKA segmentet kan andele slås sammen og fiskes i puljer. Et FKA-fartøj kan således fiske en større mængde end sin andel betinget af, at et andet FKA-fartøj i puljen fisker tilsvarende mindre. Siden 1. januar 2003 er fiskeriet efter sild i Nordsøen, Skagerrak og Kattegat, samt Norskehavet reguleret ved individuelle overdragelige kvoteandele (IOK). Efterfølgende er fiskeriet efter makrel, brisling, sperling, blåhvilling, hestemakrel, havgalt og tobis ligeledes reguleret ved individuelle overdragelige kvote (IOK).