Opkrævning af afgiften sker på baggrund af førstegangsopkøbernes indberetning til Fiskeristyrelsen om køb af landet fisk. For mængder op til 50 ton betales 19,77 kr. pr. ton og for mængder herover 9,88 kr. pr. ton. For sild og makrel kan afgiften, ikke overstige 988,21 kr. pr. parti.
Satserne, der anvendes til opkrævning af afgiften for den udførte hygiejnekontrol, er beregnet på baggrund af et gennemsnitligt estimat over kontrollørernes tidsforbrug ved hygiejnekontrol på henholdsvis fartøjer og virksomheder, og Fiskeristyrelsens samlede udgift pr. time til afholdelse af kontrollen.
Indtægten fra den opkrævede afgift anvendes til dækning af omkostninger til kontrol ombord på fartøjer og ved landing fra fartøjer, som udgør 75% af de udførte kontroller, mens de øvrige 25% af hygiejnekontrollen udføres hos virksomheder i land, som omfatter auktioner, samlecentraler og opkøbere.
Det er Fiskeristyrelsen, Nyropsgade 30, 1780 København V, der udsender opkrævninger af afgiften. Kontakt ekspeditionssekretær Annette Madsen, Fiskerikontrolkontoret, tlf. 72185931 eller ama@fiskeristyrelsen.dk ved spørgsmål om betaling af hygiejneafgift.