En række Natura 2000 områder er udpeget for beskyttelse af sæler, marsvin og/eller en lang række fuglearter.

Udenrigsministeriet skal i forbindelse med udarbejdelse af fiskeriforanstaltninger, tage hensyn til disse beskyttede arter og sikre at fiskeriaktiviteter ikke har en skadelig påvirkning af de respektive Natura 2000 områders udpegningsgrundlag.